到了2009年8月，商城事業(yè)部再度從消費者事業(yè)部分離，這一次，時任淘寶CFO的張勇兼任商城總經(jīng)理，商城開始了第二次獨立運營。但自始至終，商城與集市的“矛盾”并沒有從根本上解決。打個比方，淘寶在舉辦針對消費者的促銷活動時，會對商家設(shè)置一定的門檻，“C2C和B2C對商家的限定標(biāo)準(zhǔn)會有一定差異，但在淘寶網(wǎng)一個平臺下，需要有相對統(tǒng)一的規(guī)則。這就需要我們在中間平衡和妥協(xié)”，淘寶網(wǎng)總裁姜鵬說道。
　　
　　而當(dāng)這些問題越來越明顯，馬云和曾鳴便不得不引起重視。畢竟，淘寶集市的規(guī)模雖大，但“以免費換規(guī)模”的后遺癥在此刻顯露無遺：公司一直無法在C2C上找到十分有效的盈利模式，使得淘寶在盈利問題上一拖再拖。眾所周知，賣廣告并非平臺的核心價值所在，在C2C上盈利薄弱的淘寶，再一次將目光轉(zhuǎn)向了B2C——畢竟，收取交易傭金是被證明過的行之有效的模式。淘寶較為理想的設(shè)想是，C2C培育起來的旺盛人群和流量將逐漸匯集到商城，且將之前的資源累積進行價值轉(zhuǎn)移。
　　
　　然而此刻，商城面對的早已不是一片蠻荒之地。阿里管理層前兩年對商城態(tài)度的曖昧不明，直接導(dǎo)致商城的品牌知名度遠不如集市。艾瑞咨詢分析師蘇會燕則認為，淘寶商城此前并沒有真正地獨立過。
　　
　　對此，曾鳴表示，如果消費者不經(jīng)提醒，“他們報出的國內(nèi)前三大B2C網(wǎng)站里往往都不會提淘寶商城”。但他隨即補充，“到今年底的時候，希望達到大家提到B2C時，不說淘寶商城都不行”。畢竟從數(shù)據(jù)來看，淘寶商城的表現(xiàn)讓人不容忽視。根據(jù)艾瑞咨詢的數(shù)據(jù)，2011年Q2，在中國B2C購物網(wǎng)站領(lǐng)域，淘寶商城Tmall.com占據(jù)整體市場份額的48.5%，其規(guī)模相當(dāng)于排名2-10位企業(yè)份額總和的近2倍。京東商城以18.1%占據(jù)第二位，卓越亞馬遜、當(dāng)當(dāng)網(wǎng)、凡客誠品分別以2.4%、2.2%、2.0%占據(jù)3-5位。
　　
　　沖突與共存
　　
　　2010年11月，淘寶宣布商城域名獨立，商城的品牌變得更為鮮明，環(huán)境也更加純凈。而一個多月前的分拆，則徹底將商城與集市的組織架構(gòu)隔離開來。
　　
　　如今，張勇感受到的最大變化是，“整個團隊可以更快速地響應(yīng)市場變化，做一些純粹的決定”。而此前，淘寶太大了，“里面有各式各樣的商業(yè)模式與利益主體，做一個簡單的決定都很困難”。與此同時，商城的團隊更加獨立，技術(shù)和服務(wù)人員完全按照獨立的公司標(biāo)準(zhǔn)來配置，不再依賴原先“縱橫交錯”的C2C底層。
　　
　　馬云的“拆招”
　　
　　“現(xiàn)在，集團能完全根據(jù)B2C的業(yè)務(wù)發(fā)展來配置戰(zhàn)略資源，包括技術(shù)、人才、資金。說白了，我們目前的狀態(tài)是可以撒開腿跑了”。張勇稱。
　　
　　盡管這種狀態(tài)看上去很美，但仇文彬指出，分拆之后各子公司的規(guī)模一下子就變小了，“原先的淘寶有幾千億的交易量，而單獨的商城只有幾百億。隨之而來的問題是，各家子公司間如何協(xié)同，大家的立足點和想法相較之前都會有所變化。”
　　
　　這與蘇會燕的觀點相似。在她眼里，盡管淘寶被拆成三家公司，但仍隸屬于一個集團，“馬云一定希望各塊業(yè)務(wù)能有所聯(lián)動”。但在新的組織架構(gòu)下，各家公司合作與溝通的效率很可能被拖慢。
　　
　　對裂變中的淘寶而言，引入新的管理模式是繞不過的坎。在新的組織架構(gòu)下，阿里同樣需要引入新的管理模式。“很多事情我們不會下命令了，你應(yīng)該找到一種方法，對雙方的利益都是最大化，來激勵大家。”曾鳴說道，“比如，各個部門都會簽訂服務(wù)標(biāo)準(zhǔn)協(xié)議，如果你做不到，那么其他人也可以選擇外部服務(wù)商。”